Manutenção hidroviária
A manutenção da malha hidroviária tem se constituído em uma das mais relevantes ações da Diretoria de Infra-Estrutura Aquaviária. Os recursos aplicados na manutenção da infra-estrutura hidroviária passaram de menos de R$ 15 milhões anuais, para o patamar de R$ 31,5 milhões, em 2001, com proposta de R$ 35 milhões para 2002. Esses recursos estão distribuídos adequadamente em oito Administrações Hidroviárias e destinam-se às atividades de manutenção por dragagem, de sinalização fixa e do balizamento flutuante, de limpeza e destacamento, além dos custeios administrativo e operacional.
Demandas recentes na área de meio ambiente têm consumido parcela substancial dos recursos disponíveis, mais em função do passivo ambiental existente nas bacias hidrográficas brasileiras do que na sustentabilidade da navegação interior.

Balizamento e sinalização de margem
De acordo com a sua morfologia, os canais de navegação fluviais diferem em muito dos situados em baías ou enseadas marítimas. Os rios não transportam apenas água, deslocam, também, material sólido em suspensão e por arraste.
Anualmente, em face da dinâmica fluvial, os canais de navegação têm que ser redefinidos e, por conseguinte, re-balizados e re-sinalizados. O balizamento e a sinalização de margem compreendem: levantamento batimétrico para se definir eventuais dragagens; definição do novo canal de navegação; execução dos serviços de dragagem; levantamento batimétrico posterior; definição do novo balizamento e da nova sinalização de margem; e confecção de cartas ou croquis náuticos. As dragagens são objeto de rubrica orçamentária específica.

Desobstrução de canais
Alguns rios apresentam obstáculos em seu curso provocados pela densidade da vegetação aquática que se desloca com as cheias dos rios, num processo contínuo de expansão.
Em rios de maiores declividades e que atravessam florestas, os obstáculos se apresentam na forma de árvores caídas. Tais obstáculos têm, anualmente, que ser removidos, não só para deixar fluir a navegação, mas para evitar que elas alterem, com o tempo, a morfologia fluvial, transformando-se em ilhas por retenção de material sólido.

Desassoreamento de canais
O material sólido transportado pelos rios, quer por arraste ou suspensão, é depositado nos baixios, durante as cheias, e, nas fossas, nas vazantes, por processo anual cíclico. O desassoreamento artificial de canais de navegação se processa antes do período de estiagem, antecipando-se ao natural rompimento dos baixios. Esse processo de dragagem deve se dar anualmente, sob pena da interrupção da navegação.

Licenciamento ambiental
Os empreendimentos nas hidrovias interiores são alvo permanente de licenciamento ambiental. O monitoramento das atividades desenvolvidas nas hidrovias e seus melhoramentos são condicionados as exigências permanentes de licenciamento ambiental. Os licenciamentos ambientais regulam sua validade à adoção de medidas de redução dos impactos ambientais pelo empreendedor e ao atendimento de medidas compensatórias.
A natureza das medidas mitigadoras e das medidas compensatórias define sua classificação funcional: atividade ou projeto. Existem tanto medidas mitigadoras e compensatórias temporárias - projetos, como permanentes, que são objeto de rubrica orçamentária específica.

Manutenção de equipamentos
Algumas Administrações Hidroviárias dispõem de equipamentos específicos para o desempenho de suas atividades, tais como: dragas, embarcações destocadoras, rebocadores, embarcações para pesquisa e embarcações de transporte de equipes de fiscalização. A manutenção do diversificado e específico parque de equipamentos é uma exigência constante, assim como a sua reposição.

Manutenção de sistemas de informações e atualização de banco de dados hidroviários interiores
A navegação fluvial brasileira, impulsionada pela estabilidade da nossa moeda e baixas taxas de inflação de nossa economia, ressurge no Governo Fernando Henrique Cardoso.
O monitoramento do tráfego hidroviário interior brasileiro responderá ao planejamento e desenvolvimento da malha hidroviária interior federal. Uma série de dados de interesse da navegação fluvial ou dos implementadores de infra-estrutura hidroviária continuarão a ser coletados e disponibilizados para a sociedade.
O desmatamento indiscriminado das bacias hidrográficas brasileiras, aliado à devastação das matas ciliares, tem sido responsável pelo grande número de carreamento de detritos, sobretudo areia e argila, para os álveos (leito de curso de água). A manutenção da navegação exige a restauração das matas ciliares e redução do desbarrancamento das margens por intermédio da construção de guias corrente, do plantio da vegetação nativa, dentre outras medidas.
A construção de guias corrente se torna imperiosa para restabelecer a capacidade de transporte de sólidos em rios cujas margens já estão distantes uma da outra com solapamento das margens e espraiamento dos álveos.